Op 6 juni 1944 landden de geallieerde legers in het Franse Normandië. Na een moeizame strijd slaagden zij er in om door de Duitse linies te breken. In snel tempo werden in de maanden juli en augustus Frankrijk en België bevrijd. De bevrijding van Nederland leek slechts een kwestie van nog enkele dagen. Duitse soldaten en functionarissen, collaborateurs en NSB'ers vluchtten voor de oprukkende legers uit. Het optimisme onder de Nederlanders over een aanstaande bevrijding kwam tot uitbarsting op dinsdag 5 september: 'Dolle Dinsdag'. De haastige evacuatie van Zaltbommel op 6 september, de inwoners moesten binnen drie uur de stad verlaten, geeft aan hoe de Duitsers de situatie inschatten. Helaas stokte de geallieerde opmars in de daarop volgende weken na het mislukken van de poging om de brug bij Arnhem ongeschonden in handen te krijgen. Na de bevrijding van 's-Hertogenbosch (eind oktober) konden de geallieerde legers niet de Maas bij de Bommelerwaard oversteken. Dit hield voor de Waard in dat de Maasdorpen in de frontlinie kwamen te liggen. Zaltbommel werd vrijwel niet beschoten door de geallieerde legers aan de Brabantse zijde van de Maas. Na enige tijd keerde een gedeelte van de geëvacueerde Bommelaren, zij die tegen de orders in in de Waard waren gebleven, naar hun stad terug.26)
Op 18 september werden de bruggen bij Hedel voor de tweede maal tijdens de oorlog opgeblazen. Indien Boll uit handen van de geallieerden wilde blijven begon de tijd, zo scheen het, voor hem te dringen. De volgende dag nam hij de beslissing om te vluchten. Zijn vrouw en kinderen waren reeds vertrokken. 's Avonds hield hij in Hotel Gottschalk een afscheidsrede waarin hij zich voordeed als een zorgzame 'burgervader' die met spijt Zaltbommel moest verlaten. Boll had, zoals hij zelf bekende, geen bevel tot vertrek gekregen. Hij drukte zijn toehoorders op het hart om voort te gaan met wat zij steeds hadden gedaan en vooral geen verzet te bieden om represailles van Duitse zijde te voorkomen.'Trap alle lasterpraat die daarover gaat in den grond. Als U voor God en Uw geweten, voelt, dat U het gedaan hebt voor Uwe medemenschen en niet voor Uzelf dan zal geen vriend of vijand U dit kwalijk nemen.'27) De volgende morgen vertrok hij met zijn naaste trawanten uit Zaltbommel. Een week later, op 25 september, nam de in Londen in ballingschap verblijvende minister van Binnenlandse Zaken, J.A.W. Burger, het besluit om Boll met onmiddellijke ingang te ontslaan als burgemeester van Zaltbommel.28) Waarschijnlijk verkeerde de minister in de veronderstelling dat de Bommelerwaard snel zou worden bevrijd. De zaken liepen echter anders. Pas na afloop van de oorlog vernam men in Zaltbommel dat hun burgemeester al in het voorgaande jaar officieel was ontslagen.

In de eerste weken van september '44 was het gemeentelijk bestuur in het zuiden en oosten van de Bommelerwaard chaotisch. In Zaltbommel functioneerde na de evacuatie van de inwoners, waaronder de gemeente-ambtenaren, een zogenaamd 'noodbestuur' onder leiding van Boll, vermoedelijk bestaande uit vijf personen.29) Hoe lang dit bestuur heeft gefunctioneerd is onbekend. Diverse burgemeesters en/of secretarissen (onder andere in Ammerzoden, Maasdriel, Rossum en Hurwenen) doken in de eerste weken van september onder om daarmee te voorkomen dat zij werden ingeschakeld bij het aanwijzen van inwoners voor de Arbeitsinsatz.30) In de maanden die volgden op de vlucht van Boll en het onderduiken van verschillende burgemeesters en secretarissen ontstond een soort bestuursvacuüm. Oud raadslid R. Rutgers werd in Zaltbommel opnieuw loco-burgemeester. Omdat in de gemeente Kerkwijk geen loco-burgemeester was aangewezen nam secretaris W.A. van Voorthuizen daar het bestuur zo goed als mogelijk waar, voor Hedel is de situatie geheel onduidelijk. In de praktijk echter zal de Duitse legerleiding in de Bommelerwaard de lakens hebben uitgedeeld. Met name na het wegtrekken van de bevolking door de (gedeeltelijke) evacuatie in de maanden september-november van de dorpen langs de Maas. In deze plaatsen was dus eigenlijk ook weinig te besturen. In deze maanden was de Bommelerwaard 'spergebied' en uitsluitend met toestemming van de Duitse militaire autoriteiten toegankelijk. De commissaris der provincie noch de Rijkscommissaris konden er hun gezag doen gelden; de Bommelerwaard was geïsoleerd van overig Gelderland.31)

Twee dagen na zijn vlucht uit Zaltbommel naar de Achterhoek, op 22 september, werd Boll door de pas benoemde waarnemend commissaris der provincie ir. H. Hondius merkwaardigerwijze benoemd tot burgemeester van Wisch, provincie Gelderland.32) Over een officieel ontslag uit zijn ambten in de Bommelerwaard is niets bekend. Zijn voorganger in Wisch, J.J.G. Boot, had alle medewerking geweigerd bij de inschakeling voor de Arbeitsinsatz en was op 14 september ondergedoken.33) Tot 1 januari 1945 bleef Boll burgemeester in Wisch, waar hij onder andere, zonder bevoegdheid daartoe, het invorderen van goederen voor de Duitsers organiseerde. De eerste januari verliet hij om onbekende redenen Wisch. Andermaal is niets bekend over een officieel ontslag.34)
De volgende dag werd Boll door Hondius, die op dat moment in Zutphen verbleef, benoemd tot waarnemend burgemeester van Ammerzoden, Maasdriel, Rossum en Hurwenen.35) Op 4 januari keerde hij naar Zaltbommel terug en hernam zijn functies, ook als waarnemend burgemeester van Hedel en Kerkwijk. Daardoor controleerde hij nu de gehele zuid-oostelijke Bommelerwaard. Boll bleef tot 5 mei op zijn post. Op 5 mei vaardigde hij in zijn laatste proclamatie als burgemeester van 'Zaltbommel, Herwenen, Rossum, Maasdriel, Hedel, Kerkwijk en Ammerzoden' nog enkele richtlijnen uit. De Bommelaren werden erop gewezen om vooral rust en orde te bewaren '(...) nu blijkens de verschillende geruchten belangrijke gebeurtenissen te verwachten zijn voor ons volk en vaderland (geruchten, die overigens nog niet van officieele Duitsche zijde bevestigd zijn)...'.36) In de nacht van 7 op 8 mei werd hij door de Binnenlandse Strijdkrachten gearresteerd. Enkele dagen later ontsloeg de Commissaris van het Militaire Gezag in de provincie Gelderland hem met terugwerkende kracht vanaf 17 mei 1943 als burgemeester van Zaltbommel.37) Blijkbaar was hij niet op de hoogte van het eerder door de minister van Binnenlandse Zaken in Londen genomen besluit waarbij Boll met ingang van 25 september 1944 uit zijn ambt was gezet. Om verwarring te voorkomen nam de minister op 14 november 1945 alsnog een nieuw besluit waarbij Boll met ingang van 8 mei 1945, de dag van zijn arrestatie, werd ontslagen.38) Op 18 maart 1949 werd hij voor zijn handelen tijdens de oorlog door het Bijzonder Gerechtshof in Arnhem veroordeeld tot 7½ jaar gevangenisstraf. Een gratieverzoek, juni daaropvolgend, werd afgewezen.39)