De ruggegraat van het kerkelijk archief, waaronder o.a. wordt verstaan de notulen van de kerkeraad van 1663 af, is grotendeels ongeschonden uit het verleden te voorschijn gekomen. Hetzelfde kan niet gezegd worden van de notulen van de kerkmeesters c.q. kerkvoogden en notabelen die van 1829 tot 1850 ontbreken. De rekeningen van de kerkmeesters uit de tijd van de Republiek berusten in het gemeentearchief. Volgens de inventaris daarvan zijn daarin nog slechts aanwezig de rekeningen van 1684, 1692, 1709, 1710, 1792 en 1797 met bijlagen van enige rekeningen. Indien men van deze rekeningen afschrift heeft gehouden voor de kerkelijke gemeente, dan zijn zij alle verdwenen. Opmerkelijk is ook de afwezigheid van rekeningen en begrotingen van de kerkvoogdij uit de 19e eeuw. Slechts een borderel van de rekening van 1823 werd aangetroffen; deze rekeningen vangen eerst in 1901 aan. De diaconierekeningen beginnen reeds in 1741 en eindigen in 1860. Zij gaan dan verder in 1879. Hiervoor is reeds gewezen op het feit, dat archiefstukken die op de kerk betrekking hebben, zich in het archief van de burgerlijke gemeente bevinden. In de resolutieboeken van de magistraat vindt men gegevens over het orgel en een instructie voor de organist. Ten onrechte bevindt zich in het gemeentearchief een lijst van tijnzen en renten ten behoeve van de kerk van 1803. Het kerkelijk archief beschikt echter over een kopie. * 
In het archief van de heerlijkheid Heukelum bevindt zich nog een rekeningenboek van de kerkmeesters van ca. 1515 tot 1540. Verder valt het op, dat er vrijwel geen ingekomen en minuten van uitgaande stukken van de kerkvoogdij te vinden waren. Van de kerkeraad zijn er weinig stukken over de jongste periode. Het is overigens niet doenlijk aan te geven welke kerkelijke bescheiden zoek zijn geraakt. Sinds 1825 of later worden vermist twee kerkelijke gedrukte plakkaatboeken;
Sinds 1844 of later een rekeningenboek van de kerk van 1805 tot 1825. Ds F.M. Muller klaagt bij zijn intrede als consulent in 1926 over de onvolledigheid van het archief. *  Wat de hoofdzaak van het archief aangaat blijkt dit nogal mee te vallen.
Over de bewaring van het archief valt het volgende te vermelden. Oorspronkelijk hebben de registers en de stukken zich in een of meer kisten bevonden. Een stuk van 1807 wordt volgens het notulenboek van de kerkeraad "in de diakoniekist verzegelt ter bewaaring nedergelegt" op 10 januari 1808.
Bij aanvaarding van zijn functie in 1824 worden bij ds. J.P. Jongeneel twee kisten bezorgd met "papieren", een behorend tot de kerkeraad en de diaconie, de andere tot de administratie der kerk. Het is duidelijk, dat in de laatst genoemde kist stukken zaten van de kerkmeesters.
Er is dan geen nota of overzicht van de stukken en zij verkeren in een slordige staat. Een inventarisatie van deze stukken werd beloofd, doch is kennelijk niet uitgevoerd. * 
In 1856 laat men een kast maken voor de toga van de predikant en andere stukken van de kerk.
Het is niet bekend of met ''andere stukken" archiefstukken worden bedoeld. In ieder qeval waren er ca. 1889 drie portefeuilles waarschijnlijk met archiefstukken in gebruik. *  Voor de restauratie van het kerkgebouw in 1963 bevonden zich in de consistoriekamer twee kasten voor de bewaring van het archief van de kerkeraad, de diaconie en de kerkvoogdij. De diakonie heeft dan in het Hervormd centrum nog een brandkast met "belanqrijke stukken". Bij de opening van die kast blijkt het met de belangrijkheid van die stukken wel mee te vallen. Voor de inventarisatie van dit archief berustte een gedeelte van het diaconiearchief -en een gedeelte van het kerkeraadsarchief ten huize van een diaken, waarnaar het voor de restauratie van het kerkgebouw was overgebracht. Bij andere kerkelijke ambtsdragers waren thuis ook archiefbescheiden aanwezig. Bij de restauratie van de kerk van 1963 tot 1966 heeft men verzuimd een kluis voor het archief te maken in het kerkgebouw, hoewel daarop wel gewezen is. De kasten waren inmiddels ook uit de consistoriekamer verwijderd, zodat er geen plaats meer was voor het archief in die kamer. Als vrijwel enige, oplossing bleef over de verplaatsing van het archief naar de brandvrije archiefbewaarplaats van de burgerlijke gemeente in het nieuwe gemeentehuis. Verder is het zaak, dat het nieuwe archief, dat niet beschreven is in deze inventaris, zoveel mogelijk op één plaats wordt bijeengebracht.
Vermoedelijk is de bewaring van kerkelijke archieven ten huize van ambtsdragers bevorderlijk voor het zoek raken daarvan. De materiële toestand van het archief geeft aanleiding tot volgende opmerkingen. Talrijk zijn de klachten over het vocht in de consistoriekamer, de bewaarplaats van het archief. Reeds de kerkeraadsnotulen van 19 maart 1784 getuigen hiervan. De kerkeraadsvergadering werd toen in de pastorie gehouden, daar die kamer door de watervloed en het schoonmaken der kerk ongeschikt was. Volgens de beschrijving van Heukelum van ds. Barbas ging in 1820 bij de watervloed een gedeelte van het kerkarchief onder water:
De waterschade aan het diaconiekistje is in dat jaar hersteld. *  Er zijn stukken aangetroffen, die de indruk wekken dat zij inderdaad in het water gelegen hebben, w.o. een register met o.a. notulen van de kerkmeesters 1808-1828. In een kerkeraads vergadering van 1901 wordt weer geklaagd over het vocht en wil men de stukken naar de pastorie overbrengen, het geen niet doorgaat.
In een vergadering van de kerkvoogdij van januari 1901 spreekt men over verrottende archieven! Terwijl het archief beneden opgeslagen was, gebruikte men de zolder van de consistoriekamer in de vorige eeuw voor opslag van hout en turf! Verbetering van deze wantoestand kwam niet tot stand. Het is dus geen wonder, dat de materiële toestand van het archief zo slecht was. Gelijk met deze inventarisatie zal een grondige restauratie van registers en stukken plaatsvinden.
In gevolge synodaal besluit van 11 juli 1818 moest er bij alle kerkeraden een portefeuille aangelegd worden, waarin alle kerkelijke stukken en politieke, het kerkelijke betreffende, dienden te worden verzameld met een register, waarvan elk lid inzage kon krijgen. Als gevolg hiervan werden te beginnen in 1820 de stukken alhier opgeborgen in zo'n portefeuille en werden zij van een door-lopende nummering voorzien. *  Het was niet na te gaan of ook een register werd aangelegd en bijgehouden. Getracht is zoveel mogelijk de oorspronkelijke orde te herstellen. Stukken betreffende ondersteuning door de diaconie, gericht aan en uitgaande van de kerkenraad, werden onder het archief van de diaconie gebracht. Beslissingen dienaangaande vindt men echter in de notulen van de kerkenraad.